Salvar o mundo ficou um pouco mais difícil em Pandemic: State of Emergency, uma expansão para Pandemic que oferece três novos desafios:

- O Desafio Hinterlands, em que doenças se espalham a partir de animais para seres humanos.
- O Desafio dos Eventos de Emergência, em que os eventos imprevisíveis têm efeitos desagradáveis sobre o jogo e os jogadores tentam usar quarentenas para parar a propagação da doença em todo o mundo.
- O Desafio Superbug, no qual uma quinta doença que não pode ser tratada ameaça o mundo! Para combater esta ameaça, você deve primeiro encontrar a sua cura, em seguida, produzir doses da vacina. Você deve erradicar a doença da superbactéria para ganhar. Isto não é para os fracos de coração...